1. กลุ่มยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาระบบการบริหารจัดการของการรถไฟฯ (การมุ่งสู่ความเป็นเลิศในการให้บริการระบบราง) ประกอบด้วย 5 ยุทธศาสตร์ ได้แก่
1.) ยุทธศาสตร์ด้านการบริหารทรัพย์สิน
2.) ยุทธศาสตร์ด้านการเงินและการบัญชี
3.) ยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาและบริหารองค์กร
4.) ยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาและบริหารบุคลากร
5.) ยุทธศาสตร์ด้านการเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
2. กลุ่มยุทธศาสตร์ด้านการปรับปรุงและเพิ่มประสิทธิภาพการให้บริการ (การให้บริการที่สะดวก ตรงต่อเวลา และปลอดภัย) ประกอบด้วย 3 ยุทธศาสตร์
1.) ยุทธศาสตร์ด้านการให้บริการขนส่งผู้โดยสารและสินค้า
2.) ยุทธศาสตร์ด้านรถจักรและล้อเลื่อน
3.) ยุทธศาสตร์ด้านโครงสร้างพื้นฐาน